Кэл Линч, чье существование было отмечено трагедией, случившейся в очень молодом возрасте, является заключенным, отбывающим смертный приговор, когда ему представилась возможность быть реабилитированным. Благодаря загадочной и революционной технологии, разработанной Abstergo Industries и способной разблокировать генетические воспоминания, содержащиеся в ДНК, Кэла фактически отправляют назад во времени - в 15 век, в Испанию, где он переживает воспоминания своего предка Агилара де Нерха, участника тайного сообщества, известного как «Ассасины», сражающегося с могущественным и жестоким злом. Благодаря трансформации, произошедшей с путешествием в прошлое, Кэл приобретает знания и физические способности, необходимые для победы над злой организацией и борьбы с ней даже в настоящем...